La disputa si riferisce al conflitto armato che oppose i due Paesi fra il 1991 e il 1995, nel pieno della disgregazione sanguinosa della ex Jugoslavia, con un bilancio di oltre 20 mila morti e centinaia di migliaia di profughi. Fu Zagabria a presentare per prima il 2 luglio 1999 l'accusa di genocidio contro Belgrado, chiedendo un risarcimento finanziario, la punizione di tutti i criminali di guerra, informazioni sulle persone ancora disperse e la restituzione del patrimomio storico e culturale depredato dai serbi.
La Serbia rispose con una analoga imputazione il 4 gennaio 2010, accusando la Croazia di genocidio e pulizia etnica ai danni di 230 mila serbi costretti a fuggire.(ANSAmed).